Semestre 2

Intitulé des enseignements Cours TD TP ECTS
UNITES OBLIGATOIRES
Structure et fonctionnement des écosystèmes marins (pdf) 20 10 5
Mesure et conservation de la biodiversité (pdf) 20 5 4
Introduction à la Biogéochimie (pdf) 20 5 3
Programmation sur R (pdf) 15 10 3
Synthèse documentaire et communication scientifique (pdf) 5 9 2
Anglais (pdf) 25 3
Stage de 6 à 8 semaines (pdf) 10

GUIDE DES ETUDES du Master 1 FOGEM
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DESCRIPTION DETAILLEE:

 

UE: Structure et fonctionnement des écosystèmes marins

 

Responsable : Luis Felipe ARTIGAS

Descriptif des objectifs :
Le but de ce module est de faire acquérir aux étudiants un ensemble de concepts et approches leur permettant de comprendre la structure et le fonctionnement de base des écosystèmes marins.

Descriptif du Contenu :
– Structure et fonctionnement des écosystèmes pélagiques et benthiques marins : facteurs de répartition et adaptations des organismes planctoniques et benthiques ; réseaux trophiques, les échanges pélagos/benthos,
– Production primaire et dégradation de la matière organique. Ecologie microbienne.
– Facteurs environnementaux et variabilité spatio-temporelle du fonctionnement des écosystèmes marins
– Diversité et particularités des écosystèmes marins : herbiers à phanérogames marines, récifs coralliens, mangroves, systèmes intertidaux, estuaires, sources hydrothermales et systèmes abyssaux,…

Travaux Pratiques:
– Techniques de mesure en océanologie : sortie en mer et analyses qualitative et quantitative du compartiment planctonique.
– Etude de l’influence des facteurs environnementaux sur la répartition et l’adaptation des organismes : sortie estran, estuaire.

Organisation pédagogique :
– Cours : 15 h
– TD : 5 h
– TP: 15 h

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances fondamentales concernant les écosystèmes marins, la mise en œuvre d’approches d’étude et d’analyse des facteurs impliqués dans leur variabilité spatiale et temporelle, les relations trophiques entre les différents compartiments biologiques et dans différents systèmes.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Continuation en formation Bac +5 (Master).
Compétences outils pour technicien et assistant ingénieur de laboratoire, chargé d’étude ou de mission (bureaux d’étude, agences et collectivités territoriales).

Modalités d’évaluation :
Contrôle continu : Rapports et comptes-rendus (TD-TP) : 1/3 de la note finale.
Examen: Sujet de 3 heures : 2/3 de la note finale.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Aucune connaissance particulière nécessaire si ce n’est celles acquises dans un parcours Licence en sciences de la terre et de l’univers (Biologie/Géologie/Chimie…).

Langue de l’enseignement :
L’ensemble de l’enseignement est réalisé en français. Le matériel documentaire est en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
L. F. ARTIGAS (ULCO), U. CHRISTAKI (ULCO), D. Vincent (ULCO), S. MONCHY (ULCO), ATER (ULCO).

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UE: Mesure et conservation de la biodiversité

 

Responsable : Urania CHRISTAKI

Descriptif des objectifs :
L’étude et la conservation de la biodiversité sont parmi les plus grand défis actuels. Les objectifs de cet UE sont:
– d’acquérir une vision globale de la biodiversité (en partant des gènes jusqu’aux écosystèmes)
– d’introduire la notion de complexité dans les mesures de biodiversité
– de définir les enjeux de conservation du patrimoine naturel.

Descriptif du Contenu :
– La biodiversité : état des lieux (évolution du concept, développements, débats et controverses)
– La biodiversité et ses variations (temporelle, bathymétrique et latitudinale)
– La valeur de la biodiversité et la stabilité des écosystèmes
– La mesure de la biodiversité – est-elle possible? (richesse en espèces, indices de diversité, rareté des espèces, études comparatives de la diversité, TD sur ordinateur).
– Les grandes avancées des technologies de biologie moléculaire pour l’étude de la diversité (TD sur ordinateur).
-Les principales menaces sur la biodiversité marine et leurs conséquences sur le fonctionnement des écosystèmes marins. Les mesures de protection de la biodiversité et de conservation des habitats marins (Aires marines protégées, etc…).
-Définition des enjeux de conservation du patrimoine naturel, mise en œuvre d’une gestion durable (diagnostic, évaluation, enjeux, objectifs, mesures).
-Sortie de terrain: Présentation d’exemples de gestion durable, illustrant la théorie développée en cours.

Organisation pédagogique :
– CM : 10 h
– TD : 10 h
– TP : 5 h

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances : Acquérir des connaissances théoriques et pratiques dans le domaine de la ‘Biodiversité’.
Compétences : Pouvoir porter un jugement -même de manière basique- vis à vis des enjeux concernant l’étude et la conservation de la biodiversité. Utiliser des outils simples de mesure (logiciels PAST, SPADE). Comprendre et Interroger les bases de données publiques (BLAST)

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Continuation en formation Recherche ou Professionnalisante. Compétences utiles en bureau d’étude, chargé de mission.

Modalités d’évaluation :
Examen final sur table, sous forme de questions de synthèse.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Aucune connaissance particulière nécessaire, si ce n’est celles acquises dans un parcours en Licence en sciences de la terre et de l’univers (Biologie/Géologie/Chimie…)

Langue de l’enseignement :
Français, certains supports de cours et les sites internet utilisés sont en Anglais,

Enseignants impliqués :
U. CHRISTAKI (ULCO), S. MONCHY (ULCO), ATER (ULCO), G. BEAUGRAND (CNRS – LOG), C LUCZAK (Univ. Artois), intervenants extérieurs Français et étrangers.

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UE: Introduction à la Biogéochimie

 

Responsable : Swanne GONTHARET

Descriptif des objectifs :
L’objectif de ce module est de fournir aux étudiants des connaissances fondamentales et pratiques en biogéochimie appliquée au milieu marin. Appréhender les grands cycles globaux des éléments majeurs (carbone, azote, phosphore, soufre, etc) ainsi que leur importance dans la structuration de l’écosystème marin, la productivité et le fonctionnement des réseaux trophiques. Comprendre les processus physiques, chimiques et biologiques (en particulier le rôle des microorganismes) qui régulent les grands cycles biogéochimiques de l’océan. Le contexte des changements climatiques et en particulier la perturbation du cycle du carbone seront abordés.

Descriptif du Contenu :
L’objectif de ce module est de fournir aux étudiants des connaissances fondamentales et pratiques en biogéochimie appliquée au milieu marin. Appréhender les grands cycles globaux des éléments majeurs (carbone, azote, phosphore, soufre, etc) ainsi que leur importance dans la structuration de l’écosystème marin, la productivité et le fonctionnement des réseaux trophiques. Comprendre les processus physiques, chimiques et biologiques (en particulier le rôle des microorganismes) qui régulent les grands cycles biogéochimiques de l’océan. Le contexte des changements climatiques et en particulier la perturbation du cycle du carbone seront abordés.
– Histoire de la Terre et de la Vie: importance et rôle de l’Océan : Origine et cycle de l’eau (isotopes de l’oxygène et de l’hydrogène); Origine des éléments et composés dissous majeurs dans l’océan; Traçage des masses d’eau (utilisation des isotopes radioactifs et radiogéniques).
– Introduction des grands cycles biogéochimiques : Les grands cycles biogéochimiques (C, N, P, S) à l’échelle des grands réservoirs terrestres; exemples des cycles longs et courts; notion de temps de résidence des éléments chimiques; Mesures de paramètres chimiques dans des échantillons d’eaux de mer: dosage de l’oxygène dissous par titrations successives (méthode Winkler) et dosage des nitrates et des phosphates par chromatographie ionique.
– Formes et flux du carbone dans l’océan : La pompe biologique; Nature et origine du carbone organique et inorganique dans l’océan; Répartition des carbonates à la surface des sédiments.
– Dégradation de la matière organique (MO) aux interfaces en milieu marin et le rôle du compartiment sédimentaire dans son piégeage : Détermination de la nature et de l’origine de la MO sédimentaire grâce à différents outils géochimiques (rapport TOC/TN, valeurs de 13C et de 15N, biomarqueurs lipidiques); Notions des processus de dégradation de la MO dans les sédiments; Rôle des micro-organismes dans les cycles biogéochimiques en tant que médiateurs des transformations des formes des éléments chimiques (phototrophie, hétérotrophie, chimiosynthèse) en milieux oxyque, suboxyque et anoxique.
– Couplage entre variabilité du climat et cycles biogéochimiques et effet du changement climatique anthropique sur certains cycles biogéochimiques (en particulier le cycle du carbone)

Organisation pédagogique :
– CM : 15h
– TD : 5h
– TP : 5h

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances fondamentales et pratiques en biogéochimie. Comprendre l’origine et l’évolution des principaux phénomènes biogéochimiques qui régissent le système « Océan » en utilisant une approche interdisciplinaire (physique, chimie, géologie, biologie). Utiliser différents outils biogéochimiques (rapports élémentaires, isotopes (radioactifs, radiogéniques, stables), biomarqueurs lipidiques). Appréhender l’importance de l’activité biologique et du compartiment sédimentaire dans les transformations des éléments (C, N, P, S, etc). Etre sensibilisé aux problématiques écologiques actuelles et aux outils mis en œuvre dans l’étude des écosystèmes. Savoir aborder l’étude d’un écosystème donné en tenant compte de ces différentes composantes; adapter les échelles d’observation et les niveaux d’intégration aux objectifs de travail et aux compartiments ciblés.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Poursuite en formation Recherche ou Professionnalisante.
Compétences utiles pour devenir chargé de mission, ingénieur d’étude ou de recherche dans un bureau d’étude, un laboratoire ou un organisme du public (collectivité territoriale) ou du privé.

Modalités d’évaluation :
Examen final en français sur table sous forme de questions de cours et de synthèse sur une ou plusieurs thématiques vues dans le cadre de cette UE. Cet examen pourra concerner toutes les notions vues aussi bien en CM et en TD qu’en TP.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Aucune connaissance particulière nécessaire si ce n’est qu’un parcours L en sciences de la terre et de l’univers (Biologie/Géologie/Chimie/Physique) permet d’avoir les pré-requis nécessaires pour suivre ce module.

Langue de l’enseignement :
Cet enseignement est proposé en français. Quelques supports de cours pourront être proposés en anglais (notamment des articles scientifiques).

Enseignants impliqués :
F. ARTIGAS (ULCO), G. BEAUGRAND (CNRS), U. CHRISTAKI (ULCO), S. GONTHARET (ULCO), F. HENRY (ULCO), S. PHILIPPE (ULCO)
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UE: Programmation sur R

 

Responsable : Dorothée VINCENT

Descriptif des objectifs :
L’objectif général de ce module est de maîtriser les bases du logiciel R afin d’être capable de mettre en applications les compétences en statistiques et analyses de données précédemment acquises dans le module Biostatistiques 1). Plus particulièrement, il s’agira d’initier les étudiants à la philosophie et au langage de programmation du logiciel R mais également de leur faire acquérir des compétences leur permettant d’être totalement autonomes et opérationnels sur ce logiciel.

Descriptif du Contenu :
– Introduction / présentation du logiciel R : philosophie, packages
– Les bases de la programmation sous R
– Exercices d’application : manipulation des données (matrices, dataframes…) et analyses numériques basiques (tests paramétriques et non paramétriques)
– Pratique d’analyses multivariées (AFC, ACP, Co-inertie, RDA, Classification..) et exploration graphique des résultats.
– Analyses de données spatialisées et séries temporelles

Organisation pédagogique :
Le module sera organisé en séances de cours/TD/TP en salle informatique.
– Cours : 5H
– TD : 10H
– TP : 10H

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances:
– Connaissances théoriques et pratiques des analyses de données numériques (mise en application des enseignements dispensés au premier semestre en Biostatistiques 1)
– Connaissances des lignes de codes et des packages utilisés en routine sous R dans le domaine de l’écologie numérique
– Articulation de différentes analyses de données/statistiques en vue de répondre à une problématique scientifique
Compétences acquises:
– Programmation sous R permettant la mise en forme des données, leurs manipulations et l’enchaînement logique de différentes analyses.
– Gestion de projet d’analyses numériques : mise en œuvre des tests pertinents et adaptés à la problématique scientifique
– Rédaction d’un projet scientifique intégrant des aspects d’écologie numérique

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Connaissances théoriques et appliquées indispensables aussi bien pour un parcours scientifique que professionnel. En effet, le logiciel R est la référence utilisée à la fois pour des analyses classiques et le développement d’analyses récentes par toute la communauté scientifique.

Modalités d’évaluation :
Evaluation sous forme d’exercices en séances de TD (1/3 de la note finale).
Projet personnel rédigé en binômes (2/3 de la note finale).
Pas d’examen terminal.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Avoir des connaissances de base en statistiques descriptives et en analyses de données.

Langue de l’enseignement :
Enseignement en Français ; certains supports pédagogiques seront réalisés et distribués en Anglais

Enseignants impliqués :
Christophe LUCZAK (Univ. D’Artois, ESPE ; MCF- HDR).

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UE: Synthèse documentaire et communication scientifique

 

Responsable : Dorothée VINCENT

Descriptif des objectifs :
L’objectif général de ce module est d’être sensibilisé aux bases de la communication scientifique (écrite et orale) afin d’être capable de trouver et d’identifier un article scientifique, d’analyser et d’extraire les éléments constitutifs d’un article scientifique à savoir : contexte général, connaissances manquantes (points de blocage), questions posées, résultats clefs, éléments de discussion, hypothèses émergentes et conclusions.
Il s’agira également d’acquérir des compétences permettant aux étudiants de restituer les éléments clefs de plusieurs articles scientifiques en réalisant une synthèse écrite et orale. Enfin, leur capacité d’analyse critique sera évaluée lors des restitutions orales.

Descriptif du Contenu :
– Techniques et outils de recherche bibliographique, bases de données disponibles
– Logiciel de gestion des bases de données bibliographiques : formation à Zotero
– Comment rédiger un article, un rapport scientifique ? Techniques d’écriture et de communication
– Comment réaliser une communication orale ?
– Mise en œuvre : synthèse synoptique de 2 articles scientifiques, atelier d’écriture (introduction, paragraphe type de discussion, conclusion), présentation orale, analyse critique et débats scientifiques.

Organisation pédagogique :
Le module sera organisé en séances de cours magistraux, en séances de Travaux pratiques dédiées à la découverte des outils de recherche bibliographique et au suivi du travail réalisé par les étudiants (séances dédiées et via la plateforme pédagogique SAKAI)
– CM : 5h
– TP : 9h

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances
– Connaissances théoriques et pratiques des outils de recherche bibliographique
– Nécessité de la communication scientifique et ses règles écrites et orales
– Connaissances du processus de publication
Compétences acquises
– Réalisation d’une recherche bibliographique approfondie
– Analyse critique d’une thématique/sujet scientifique
– Elaboration d’un synopsis graphique de synthèse (utilisation des logiciels graphiques de communication : powerpoint)
– Compétences rédactionnelles de sections types d’un article/rapport scientifique (introduction, conclusion et un paragraphe de discussion) – mise en forme des références bibliographiques
– Gestion de projet en trinôme et communication par plateforme pédagogique (forum)

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Connaissances théoriques et appliquées indispensables aussi bien pour un parcours scientifique que professionnel. La capacité à communiquer de manière pédagogique et scientifique est un pré-requis à toute activité professionnelle d’encadrement. La gestion de projet en trinôme sera également une initiation au travail en équipe.

Modalités d’évaluation :
Recherche bibliographique sur une thématique scientifique choisie par l’étudiant et élaboration d’un synopsis issu de l’analyse de deux articles scientifiques sur cette thématique (1/3 note finale)
Rédaction d’une introduction, d’une conclusion et d’un paragraphe de discussion (1/3 note finale)
Présentation orale de la synthèse des deux articles étudiés et analyse critique (1/3 note finale)
Projet réalisé en trinômes
Pas d’examen terminal

Acquis et Pré-requis conseillés :
Etre capable de lire en anglais

Langue de l’enseignement :
Enseignement en Français ; certains supports pédagogiques seront réalisés et distribués en Anglais

Enseignants impliqués :
J. L. Zambonino (Cadre de recherche HDR, IFREMER), D. Vincent (MCF, ULCO), G. Barron (Conservatrice BULCO)

 

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UE: Anglais

 

Responsable : Anne WAGNER

Descriptif des objectifs :
– Approfondissement des connaissances spécialisées (orales et écrites) dans les domaines spécialisés étudiés.
– Favoriser l’autonomie orale des étudiants en expression scientifique

Descriptif du Contenu :
1- Donner aux étudiants la possibilité d’approfondir ses connaissances spécialisées (orale et écrites) par le biais de la presse semi – spécialisée et spécialisée anglo-saxonnes :
a- apprentissage de la structuration spécifique des textes spécialisés,
b- Enrichissement du vocabulaire scientifique,
c- Apprentissage à la rédaction technique,
d- Rédaction d’un abstract scientifique cohérent et structuré.
2-Favoriser l’autonomie des étudiants lors d’exercices oraux (débats et exposés scientifiques) :
a- Développer son aisance,
b- Savoir rendre son argumentaire attractif et visuel
c- Assumer ses choix
d- Savoir conclure.
3-Favoriser l’autonomie des étudiants : Dispositif CRL (10 h en autonomie)

Organisation pédagogique :
– CM/TD : 25h

Connaissances et compétences acquises :
Développement des compétences scientifiques orales et écrites
Compétences :
1- Approfondir les techniques de communication scientifique orales
2- Acquérir les techniques de rédaction scientifique
Compétences additionnelles et transversales : Capacités d’analyse, de rédaction et d’expressions écrite et orale dans les domaines scientifiques étudiés.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Compétences utiles pour intégrer et gérer des équipes dans les domaines de l’environnement.

Modalités d’évaluation :
La notation se base sur un contrôle continu des connaissances
CONTROLE CONTINU (expressions écrite et orale, compréhensions écrite et orale) + CRL + CLES 2 OBLIGATOIRE

Acquis et Pré-requis conseillés :
Aucun.

Langue de l’enseignement :
Cet enseignement est proposé en anglais.

Enseignants impliqués :
WAGNER A. (ULCO)
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UE: Stage de 8 à 10 semaines

 

Responsable : Sébastien MONCHY

Descriptif des objectifs :
Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d’un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l’étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés.

Descriptif du Contenu :
L’étudiant suit un stage de 2 mois dans une structure d’accueil, et doit y effectuer des travaux en lien avec l’écologie, aussi bien d’un point de vue recherche que de gestion des milieux naturels. Au cours de ce stage l’étudiant doit définir une problématique, en accord avec son maître de stage et le responsable de l’UE. Il devra y répondre pendant son stage en mettant au point un protocole adapté, en acquérant et analysant des données, et en interprétant les résultats. Enfin, il rendra compte de son stage à travers la rédaction d’un rapport puis d’une soutenance orale.

Organisation pédagogique :
Deux mois de stage à temps plein. La recherche de stage se fait dans le cadre d’entretien personnalisé avec le responsable d’UE afin de définir au mieux le projet de l’étudiant. Le sujet de stage doit être accepté par les responsables de l’UE. Le stage se fait en France ou à l’étranger.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Les connaissances acquises dépendront de la nature du projet personnel, de la problématique et de la structure d’accueil, mais seront en adéquation avec les objectifs du master et d’un niveau de compétence correspondant à un emploi de cadre.
Compétences :
– Définir une problématique et élaborer la démarche scientifique pour y répondre
– Acquérir des données et les analyser. Interpréter les résultats, en évaluer la qualité et la pertinence pour répondre à la problématique de départ.
– Retransmettre l’étude de manière écrite et orale sous un format scientifique.
Compétences transversales :
– Construire et développer une argumentation
– Identifier les personnes ressources et les fonctions de l’entreprise
– Prendre des décisions et s’autoévaluer

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Cette UE permet l’immersion de l’étudiant dans le secteur d’activité de son choix et prépare ce dernier à intégrer les organismes privés ou publics nécessitant des compétences en écologie : gestionnaire des milieux dans des parcs naturels, chargé de mission en bureau d’études, chercheurs en laboratoire, etc.

Modalités d’évaluation :
L’étudiant sera évalué à travers un rapport de stage et une soutenance orale devant un jury composé d’enseignants-chercheurs et chercheurs.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Acquis lors de cette formation en Sciences de la mer.

Langue de l’enseignement :
Les stages peuvent être réalisés en France ou à l’étranger et donc les rapports de stage peuvent être rédigés en français ou en anglais. La soutenance orale doit être en français.

Enseignants impliqués :
S. MONCHY (ULCO), U. CHRISTAKI (ULCO)

 

Liste des stages des années précédentes: