Semestre 3

Intitulé des enseignements Cours TD TP ECTS
UNITES OBLIGATOIRES
Approche du monde professionnel (pdf) 20 2
Projet communication Scientifique (pdf) 50 5
Outils Géomatiques appliqués à l’écologie (pdf) 30 20 5
ATELIERS OPTIONNELS (3 au choix sur 5 proposes)
Atelier ‘Biogéochimie aux Interfaces’  (pdf) 4 16 2
Atelier ‘Biologie Moléculaire et Bio-informatique’ (pdf) 12 8 2
Atelier ‘Modelisation’ (pdf) 10 10 2
Atelier ‘Gestion Integrée’ (pdf) 5 15 2
Atelier ‘Indicateurs’ (pdf) 9 11 2
UNITES OPTIONNELLES (3 au choix sur 5 proposees)
Couplage Physique Biologie (pdf) 40 4
Ecophysiologie et Adaptations (pdf) 40 4
Structure et Fonctionnement des Ecosystèmes Marins (pdf) 40 4
Impact Anthropique sur les Ecosystèmes Littoraux (pdf) 40 4
Droit et Aménagement intégré de la mer et du Littoral (pdf) 40 4

GUIDE DES ETUDES du Master 2 FOGEM
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DESCRIPTION DETAILLEE:

 

UE: Approche du monde professionnel

 

Responsable : Luis Felipe ARTIGAS

Descriptif des objectifs :
Faciliter l’entrée de l’étudiant dans le monde professionnel à la fin de sa formation. A l’issue de cette UE, l’étudiant devra être capable : de conduire et gérer un projet professionnel personnel ; d’avoir une vision globale des métiers et débouchées dans sa spécialité; d’identifier les partenaires impliqués dans la recherche fondamentale et appliquée à la connaissance et surveillance des écosystèmes marins, leur conservation et gestion intégrée, de comprendre les modalités de recrutement, de développer et d’aller à l’encontre aller à la rencontre de son réseau développé au préalable.

Descriptif du Contenu :
Rencontre avec les acteurs de l’emploi et le monde professionnel de la recherche fondamentale et appliquée, la gestion intégrée et la conservation des écosystèmes marins. Information sur l’entrée en Doctorat, les concours et les niveaux d’embauche des différents organismes.
Définition d’un projet et sensibilisation à la démarche-projet : analyse des besoins/étude de la demande, étude de faisabilité, définition des objectifs, outils de planification d’un projet. Gestion d’un projet et organisation d’un évènement en lieu avec le monde socio-économique (« Journée Premier Emploi » ou autre évènement).
Proposition passage tests de niveau en anglais (TOEIC ou autre certification)
Rédaction lettre de motivation et C.V. en anglais.

Organisation pédagogique :
– CM : 0h
– TD : 0h
– TP: 20h

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Introduction à la démarche-projet. Connaissances des débouchées profesionnelles
Compétences transversales:
– Gérer un projet en lien avec le monde socio-économique.
– Travailler en réseau et confronter son projet avec le monde socio-économique
– Rédiger une lettre de motivation et un C.V. en anglais.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Cette UE prépare aux différents métiers de la recherche fondamentale et appliquée en écologie et biologie, à la gestion intégrée des écosystèmes, à la conservation, ainsi qu’à la poursuite en Doctorat en France et à l’étranger.

Modalités d’évaluation :
Note collective et note individuelle (rapport écrit ou présentation orale du projet : étapes de la mise en place et retour réflexif). Certification en langue (partie de la note individuelle).

Acquis et Pré-requis conseillés :
Avoir suivi des modules de projet personnel professionnel. Avoir suivi des cours d’anglais.

Langue de l’enseignement :
L’ensemble de l’enseignement est réalisé en français et une partie en anglais.

Enseignants impliqués :
ULCO : L.F. Artigas, S. Capelle, J.-F. Brouttier

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UE: Projet communication Scientifique

 

Responsable : Rachid AMARA et Dorothée VINCENT

Descriptif des objectifs :
Comprendre et intégrer les principes de la communication scientifique par le biais des supports les plus usuellement mis en œuvre (poster, conférence, communication orale, rapport écrit). Les principaux moteurs de recherche bibliographiques sont présentés ainsi que la création/gestion des bases de données bibliographiques. La réalisation d’une synthèse bibliographique sur un thème en lien avec le stage (parcours Rech) ou une problématique environnementale littorale et marine (parcours Pro) est envisagée permettant une familiarisation à l’anglais scientifique. Les résultats sont présentés oralement (diaporama, exposition, conférence) et iconographiquement (poster) sous forme :
-D’une conférence de vulgarisation à destination des acteurs du milieu marin et du grand public. Cette conférence est organisée par les étudiants ayant choisi un projet Pro leur permettant ainsi de développer une liste de contact professionnel et les formera à l’organisation d’évènements scientifiques (publicité, contacts avec les médias).
-D’une session scientifique de présentation de posters devant un jury d’enseignant-chercheurs, organisée au laboratoire (UMR LOG) par les étudiants ayant un projet tourné vers la recherche. Cette session permet une présentation des posters à un public scientifique d’étudiants (Master 1), d’enseignants-chercheurs et de personnels techniques.

Descriptif du Contenu :
L’UE comprend une partie théorique et une partie de suivi du travail/évaluation.
La partie théorique présente les règles de communication scientifique en anglais, les outils de recherche et de gestion bibliographiques (ex. Zotéro), la structure d’un rapport scientifique écrit, d’une communication orale et forme les étudiants à la préparation/réalisation d’un questionnaire/interview à destination des acteurs de l’environnement marin.
La partie suivi/évaluation consiste en des entrevues régulières avec les étudiants (individuelle ou en binôme) afin de valider les plans de rédaction, de les aiguiller dans leurs recherches bibliographiques et de les orienter vers des contacts professionnels. Ce suivi leur permet également de bénéficier de l’appui et des conseils des intervenants pour préparer la conférence de vulgarisation ainsi que la session posters.

Organisation pédagogique :
– CM : 10h
– TD : 40h
– TP: 0h
L’UE se déroule sur l’ensemble du semestre.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances : Les savoirs scientifiques acquis dépendent de la nature du projet personnel et de la problématique choisie. Connaissances communes : Principaux outils de recherche bibliographiques, règles fondamentales de communication scientifique en anglais et français. Rédaction d’un rapport scientifique, préparation et réalisation d’une communication orale et d’un poster. Mise en place d’un questionnaire/interview à destination d’un public professionnel.
Compétences transversales :
– Créer et gérer une base de données bibliographique informatisée et/ou une base de données de contacts professionnels.
– Organiser un évènement scientifique
– Retransmettre un travail de manière écrite et orale sous un format scientifique, en s’adaptant au public ciblé.
– Prendre la parole en public et développer une argumentation

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
L’UE apporte les connaissances indispensables en communication scientifique pour travailler dans le monde de la recherche et dans le monde professionnel en général. Elle prépare les étudiants pour leur stage, mais aussi pour leurs futures activités de chercheurs, de cadre écologue, de gestionnaire de l’environnement.

Modalités d’évaluation :
Poster/rapport bibliographique : évaluation poster et présentation orale par un jury.
Conférences grand public : Evaluation orale. Note d’implication des étudiants sera également prise en compte.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Aucun.

Langue de l’enseignement :
Une partie de l’enseignement en Anglais (règles de communication scientifique en anglais, 2h). Le reste des parties théoriques (poster, rapport écrit, oral et questionnaire) en français (2/3) et en anglais (1/3). Le matériel documentaire est en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
ULCO : R. Amara, U. Christaki, S. Monchy
Lille1 : S. Souissi, V. Gentilhomme, L. Denis, N. Spilmont

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UE: Outils Géomatiques appliqués à l’écologie

 

Responsable : Charles VERPOORTER

Descriptif des objectifs :
L’évolution et la richesse des données géographiques imposent de maitriser les principes de la géomatique (positionnement, SIG, cartographie…) pour traiter efficacement les problématiques et les enjeux environnementaux modernes. Dans ce cadre général, les objectifs de l’UE sont à la fois de disposer d’un niveau d’expertise général sur les Systèmes d’Information Géographique et leur mise en œuvre, mais également de maitriser certains de ces outils pour traiter des données écologiques et produire des cartographies.

Descriptif du Contenu :
– Savoir gérer une base de données géo-référencées ; l’exploiter par des représentations cartographiques et des traitements statistiques et géostatistiques.
– Les différentes étapes d’un projet SIG ; Introduction aux services en ligne (Services Web et geoportail).
– S’initier aux outils de l’analyse spatiale, requêtes géographiques ; traitement de données, transtypage de données ; analyses de corrélation, analyses des formes de distribution par modèles.
– s’initier aux logiciels de SIG (ArcGis, Mapinfo, QGis).

Organisation pédagogique :
– CM : 20h
– TD : 10h
– TP: 20h
UE sur tout le semestre pour permettre réalisation et suivi d’un projet en binôme.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Théoriques des outils géomatiques élaborés, et connaissance pratique sur la mise en œuvre de ces outils, à partir de base de données écologiques.
Compétences :
– Faire appel à des connaissances dans le domaine des statistiques, de la géographie.
– Poser une problématique et choisir les outils adéquats pour y répondre.
– Comprendre et Interpréter les résultats sous forme de cartographie.
Compétences additionnelles et transversales :
– Maitriser des logiciels de SIG utilisés par les professionnels (ArcGis, MapInfo, QGis).
– Mettre en forme et gérer des bases de données.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
L’UE prépare à l’ensemble des métiers de l’étude et de la gestion de l’environnement au sens le plus large. En effet les Systèmes d’Information Géographiques sont utilisées à tous les niveaux dans des domaines variés comme la Surveillance de la qualité des milieux, de la prévention des risques, de l’évolution des écosystèmes, gestions des espèces exploitées…

Modalités d’évaluation :
L’évaluation est faite par les enseignants de l’UE sur les projets de traitements SIG réalisés par les étudiants pendants le semestre.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Maitriser l’outil informatique, logiciel Excel, R.
Connaissances en statistiques paramétriques.

Langue de l’enseignement :
L’ensemble de l’enseignement est réalisé en français.

Enseignants impliqués :
ULCO: C. Verpoorter
Lille1 : S. Souissi, E. Armynot du Chatelet
Autres : M. Leroy (DREAL Nord)

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UE: Atelier ‘Biogéochimie aux Interfaces’

 

Responsable : Lionel DENIS

Descriptif des objectifs :
Acquérir un savoir-faire pratique sur les différents types d’expérimentations et de mesures qui peuvent être effectuées au niveau des interfaces eau-sédiment et air-sédiment. Appréhender la constitution d’un protocole expérimental adéquat, sa mise en œuvre, l’analyse des résultats qui en proviennent et leur mise en forme, dans le cadre d’une approche en équipe.

Descriptif du Contenu :
Les principales méthodes permettant les mesures de composés dissous à l’interface eau-sédiment seront décrites et mises en application lors de plusieurs expérimentations qui seront conduites par groupes de travail. Ces méthodes serviront de base de réflexion à une évaluation du rôle des différents organismes participant aux processus biogéochimiques dans les sédiments superficiels au travers d’expérimentations conduites aussi par groupe de travail, et mises en commun par une présentation orale. En particulier les méthodes ciblées comprennent :
– Les méthodes d’incubation afin d’estimer les flux totaux : chambres benthiques et incubations de carottes.
– Les méthodes d’estimation des flux diffusifs par les gradients verticaux de composés dissous dans les sédiments superficiels.

Sur la base de ces méthodes, une analyse du rôle de la nature du sédiment, de sa charge en matière organique et de la faune présente sur l’intensité et la variabilité des échanges dissous (en particulier oxygène et ammonium) sera proposée aux étudiants. En particulier, l’influence de la macrofaune, de foraminifères (consommateurs, bioturbateurs), de microphytobenthos (producteurs primaires), de bactéries (interface aérobie-anaérobie) sera évaluée.

Organisation pédagogique :
– CM : 0h
– TD : 4h
– TP: 16h
L’atelier se fera sur 2 jours avec une part importante de travail en autonomie des etudiants tant pour les analyses que pour l’interprétation.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Méthodes couramment utilisées en Biogéochimie, méthodes d’incubations, flux totaux et diffusifs, dynamique de dégradation de la matière organique, influence des micro- meio- et macro-organismes dans ces processus.
Compétences :
– Compétences analytiques de haut niveau des mesures à l’interface sédimentaire
– Mise en œuvre d’expérimentations dans le domaine de la Biogéochimie.
Compétences additionnelles et transversales :
– Conduite d’un travail d’équipe et travail en autonomie.
– Analyse et présentation des résultats devant un jury.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Connaissances pratiques indispensables dans le domaine de la recherche en océanologie côtière pour la mise en place d’un protocole expérimental adéquat, son analyse critique au regard des moyens mis à disposition. Dans le domaine professionnel, cette UE permet d’apporter un jugement plus pertinent sur les méthodes mises en œuvre et leur adéquation avec la question posée.

Modalités d’évaluation :
Note attribuée par les enseignants au regard de l’investissement, la participation, la pertinence et la précision des analyses et de la présentation orale.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Connaissances de base en écologie et en océanologie.

Langue de l’enseignement :
Interventions en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
Lille 1 : V. Bouchet, N. Spilmont, L. Denis
ULCO : F. Artigas
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UE: Atelier ‘Biologie Moléculaire et Bio-informatique’

 

Responsable : Sébastien MONCHY

Descriptif des objectifs :
Acquérir une connaissance globale des techniques de biologie moléculaire appliquées à l’étude des écosystèmes, ainsi que des outils bio-informatiques nécessaire à l’analyse de données. Les exemples d’études porteront sur les problématiques concrètes rencontrées dans les laboratoires de recherche en matière d’identification de la biodiversité, de la notion d’espèce au sens moléculaire jusqu’à l’analyse génomique via l’utilisation des ressources bio-informatiques disponibles.

Descriptif du Contenu :
L’UE introduit les différentes approches moléculaires et les ressources informatiques adéquates pour l’étude des écosystèmes. Il aborde les différentes techniques de séquençage et leurs évolutions futures, l’utilisation des outils de biologie moléculaire pour valider des concepts écologique ou pour répondre à des problématiques précises (i.e. influence du réchauffement climatique ou des forçages anthropiques sur la diversité des espèces), pour identifier de nouvelles espèces, mettre en évidence de nouvelles fonctions et/ou d’interactions entre espèces. Ces approches, qui peuvent générer d’importantes quantités de données, doivent être traitées via l’utilisation d’outils informatiques spécifiques. Ainsi à partir d’exemples concrets de données de séquences recueillies en laboratoire, les étudiants apprennent à utiliser les ressources informatiques nécessaires à l’interrogation des bases de données de séquences publiques, la construction d’arbres phylogénétiques, la réalisation de réseaux d’interactions, ou encore l’analyse des données obtenues grâce aux séquenceurs de nouvelles générations permettant d’inventorier la diversité d’un écosystème dans sa globalité.

Organisation pédagogique :
– CM : 0h
– TD : 12h
– TP: 8h

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Théoriques et pratiques dans le domaine de l’étude d’un écosystème par les approches de biologie moléculaire. Connaissance des méthodes bio-informatiques de base nécessaire pour l’analyse de séquences ADN. Comprendre les avantages, limitations et les complémentarités qui existent entre les outils traditionnels d’observations (i.e. microscopie) et les différentes techniques de biologie moléculaire modernes.
Compétences :
– Comprendre et Interroger les bases de données publiques (BLAST)
– Réaliser des analyses bio-informatiques: construction d’arbre phylogénétique (SeaView, MrBayes, MEGA), réalisation de réseaux d’interactions (Cytoscape), analyse de diversité (PAST, MEGAN), analyse et traitement de grandes quantités de données de séquences (Muscle, Mothur).
Compétences additionnelles et transversales :
– Adapter les compétences liées à l’utilisation des techniques de Biomol pour répondre à des problématiques de recherche variées.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Connaissances générales et théoriques indispensables dans tous laboratoires d’écologie, et plus généralement dans tous laboratoires de recherche tant les outils de biologie moléculaire et de bio-informatique sont devenus indissociables dans les programmes de recherches modernes.

Modalités d’évaluation :
Examen final écrit sur sous forme de questions de synthèse.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Avoir des connaissances de base en biologie moléculaire.

Langue de l’enseignement :
L’ensemble est réalisé en anglais et en français. Le matériel documentaire est en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
ULCO : S. Monchy
Autre : C. Audebert (GeneDiffusion)

 

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UE: Atelier ‘Modelisation’

 

Responsable : Sami SOUISSI

Descriptif des objectifs :
L’objectif de cet enseignement est de présenter aux étudiants différentes approches numériques utilisées dans le traitement de l’information, l’analyse des données et la modélisation des écosystèmes (systèmes environnementaux en général).

Descriptif du Contenu :
L’UE présente le rôle de l’approche numérique en écologie côtière en développant plusieurs exemples pratiques mettant en application des méthodes de modélisations variées. Par la suite les principales sources de données disponibles en milieux côtiers (i.e., Indices Climatiques, MAREL, réseaux de surveillance,…) seront présentées et discutées (avantages et inconvénients). Le deuxième volet de cet enseignement sera très pratique, il s’agit d’accompagner les étudiants dans le choix de projets qui vont leur permettre de réaliser un rapport axé sur les traitements de données. Une initiation au logiciel R et un suivi des projets se feront en salle informatique. Un suivi individuel de chaque projet sera également réalisé d’une façon régulière.

Organisation pédagogique :
– CM : 0h
– TD : 10
– TP: 10h (sous forme d’initiation au logiciel R et suivi individuel des projets de modélisation)

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Principes généraux de l’application de l’outil numérique (analyse de données, traitement des signaux et modélisation) en océanographie côtière.
Bilan des principales sources de données disponibles en océanographie côtière et analyse critique des avantages et inconvénients de chaque base de données et/ou réseau d’observation.
Initiation à l’utilisation du logiciel R pour traiter des données environnementales
Introduction des principaux indices climatiques et leur utilisation en écologie
Rédaction d’un rapport suite à un travail de groupe.
Compétences :
– acquisition d’un savoir faire dans l’analyse de données, la modélisation ainsi que le traitement des indices climatiques
– travail en groupe pour réaliser un projet centré sur l’analyse de données issues des réseaux d’observation
– traitement des données hétérogènes acquises à différentes fréquences

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Aider les étudiants à mieux appliquer certains outils statistiques dans le domaine de la recherche et/ou dans le cadre d’une activité professionnelle (bureau d’étude, étude d’impact, etc.) ; mieux appréhender la complexité des bases de données disponibles en écologie côtière et renforcer la pédagogie de travail en groupe pour réaliser un projet en modélisation axé sur la méthodologie (l’outil).

Modalités d’évaluation :
1- Un examen final sur table essentiellement sous forme de questions de synthèse afin d’évaluer le degré d’assimilation des concepts du cours.
2- Une note finale sur le projet qui comporte le suivi des étudiants (étapes intermédiaires et le travail en salle informatique) et le rapport final du projet.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Des notions avancées en statistiques sont souhaitées (une enquête d’évaluation des connaissances sera réalisée au début de l’UE).

Langue de l’enseignement :
L’ensemble de l’enseignement est réalisé en français. Le matériel documentaire est en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
Lille 1 : S. Souissi

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UE: Atelier ‘Gestion Integrée’

 

Responsable : Valérie GENTILHOMME

Descriptif des objectifs :
Appréhender, par des cas pratiques, la gestion intégrée des zones littorales en rencontrant les professionnels acteurs de cette gestion sur leur terrain de compétence. Les exemples porteront sur des sites régionaux choisis pour leur représentativité en termes d’usages ou en termes d’intervention professionnel.

Descriptif du Contenu :
Cette UE est constituée de 4 sorties sur le terrain, encadrées par des professionnels :
– Baie de Seine : Réserve de la Baie et Grand Port du Havre
– Baie de Somme : Groupe d’Étude des Milieux Estuariens et Littoraux (GEMEL)
– Baie de Canche : Parc Naturel Marins des 3 estuaires (Aires Marines Protégées)
– Grand Site des 2 Caps : Parc Naturel Régional Caps et Marais d’Opale
Chaque sortie est précédée d’une présentation du site, des objectifs de la sortie. Quand cela est possible, cette présentation est faite par les professionnels.

Organisation pédagogique :
– CM : 0h
– TD : 5h
– TP: 15h
Dans la mesure du possible, les différentes sorties se feront sur une période courte permettant une transversalité plus grande.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Appréhender la conservation et le Gestion des espaces naturels côtiers tels que les estuaires et les plages. Connaître et mettre en œuvre les réglementations qui en régissent les usages. Identifier la richesse patrimoniale et les services écosystèmiques des zones littorales.
Compétences :
– Identifier les enjeux et les modalités de la mise en œuvre des réglementations environnementales
– Identifier les acteurs de la GIZC (Gestion Intégrée des Zones Côtières) et leur domaine de compétences
Compétences additionnelles et transversales :
– Lire et Comprendre un contexte socio-économique.
– Agir et interagir avec d’autre sur le terrain quelque soit les conditions.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Cette UE prépare aux métiers de Cadre Écologue, Gestionnaire de l’environnement, Chargé de Mission dans des collectivités territoriales. Elle constitue une première approche des publics rencontrés dans ces métiers. Elle prépare également aux métiers de l’animation scientifique et du conseil dans le milieu associatif et de l’Aménagement du territoire.

Modalités d’évaluation :
L’évaluation se fait par une note de participation donnée par l’enseignant accompagnateur et une note de compte rendu de sortie effectué en binôme.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Aucun

Langue de l’enseignement :
Enseignement en français.

Enseignants impliqués :
Lille 1 : V. Gentilhomme
Autres : T. Ruellet (GEMEL), V. Bouwedin, T. Lecarpentier (réserve naturelle baie de Seine), J.-P. Raffini

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UE: Atelier ‘Indicateur’

 

Responsable : Vincent BOUCHET

Descriptif des objectifs :
Maîtriser les différents indicateurs utilisés pour caractériser la qualité écologique des milieux marins.

Descriptif du Contenu :
A partir d’exemples concrets, cette UE aborde les différentes méthodes utilisées pour évaluer la qualité écologique des milieux marins. L’UE introduira les indicateurs clés concernant l’étude de la qualité des milieux marins : les paramètres physico-chimiques, les isotopes stables, les macro-algues, la méïofaune, la macrofaune, les poissons. Les méthodologies de développement et de mise en œuvre pratique de ces indices seront décrites : stratégie d’échantillonnage, métriques, calcul d’indices, définition du statut écologique. L’apport des réseaux de suivi comme sources de données pour les études environnementales sera détaillé. L’utilisation des analyses numériques pour évaluer l’état écologique d’un écosystème ainsi que pour définir un état de référence sera aussi abordée.

Organisation pédagogique :
– CM/TD : 9h
– TP : 11h (en binôme, les étudiants réalisent un cas d’étude (type étude d’impact) à partir de séries de données)

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Des différentes méthodes d’études de la qualité écologique des milieux marins, maîtrise des principaux indicateurs utilisés, mise en place d’un plan de surveillance et de gestion.
Compétences :
– Choisir et appliquer les indicateurs appropriés à un cas d’étude donné
– Elaborer un protocole d’évaluation/suivi/gestion de la qualité écologique d’un milieu
– Développer et tester des méthodes/indicateurs de la qualité des milieux marins

Compétences additionnelles et transversales :
– Rédiger clairement et efficacement une synthèse
– Appréhender l’ensemble des composantes d’un projet (écologique, économique, juridique…)

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Connaissances théoriques et appliqués pour travailler dans un bureau d’étude, une structure publique en charge du suivi de l’environnement marin. Connaissances générales et théoriques pour rentrer dans le monde de la recherche appliquée (développement d’outils diagnostic pour répondre à la demande sociétale de suivi de la qualité écologiques des milieux marins).

Modalités d’évaluation :
Remise d’un rapport court (50% de la note) et présentation orale (50% de la note) sur un cas d’étude concret.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Avoir des connaissances en écologie, en droit de l’environnement.

Langue de l’enseignement :
L’ensemble de l’enseignement est réalisé en français. Le matériel documentaire est en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
Lille1 : V. Bouchet, F. Gevaert, S. Lefebvre
ULCO : R. Amara
Autres : L. Seuront (CNRS), A. GOVAERE (Bureau d’étude BIOTOPE)

 

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UE: Couplage Physique Biologie

 

Responsable : Fabrice LIZON

Descriptif des objectifs :
Accéder à la pluridisciplinarité nécessaire à la recherche en océanologie par la compréhension des bases de l’océanographie physique et de l’optique marine. Comprendre l’intérêt de cette pluridisciplinarité au travers du couplage entre les phénomènes physiques et biologiques à différentes échelles en milieu marin.

Descriptif du Contenu :
Introduction à l’hydrodynamisme et la turbulence et applications en océanologie biologique. Effet de la marée sur la circulation des masses d’eau (exemple : la Manche orientale) et impact sur les organismes (distributions, recrutements). Phytoplancton et couplages physiques/biologiques en milieu estuarien (ex. de la Gironde, de l’Amazone…). Zooplancton et couplages physiques/biologiques en estuaires macrotidaux. Les mécanismes de maintien des populations zooplanctoniques dans la zone de gradient de salinité.
Optique marine : notions sur les propriétés optiques de l’eau de mer ; propagation de la lumière dans l’océan (notion de couche euphotique, de visibilité) ; profondeur critique de Sverdrup ; vue globale de l’océan : comment estimer la production primaire depuis l’espace ?
Bilan des couplages physiques/biologiques dans le milieu pélagique selon les échelles spatio-temporelles croissantes.

Organisation pédagogique :
– CM : 40h
– TD : 0h
– TP: 0h
L’ensemble des enseignements de l’UE est dispensé en 6-7 journées consécutives.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Les concepts clés concernant l’hydrodynamisme et la turbulence à différentes échelles spatio-temporelles, les couplages spécifiques en zones estuariennes, la détermination de la biomasse et de la production primaire par télédétection et la classification des couplages physiques-biologiques par échelles spatio-temporelles croissantes.
Compétences :
– caractériser l’état turbulent d’une masse d’eau
– déterminer les couplages selon les échelles d’observation, interactions entre échelles
– juger de l’implication des couplages physiques-biologiques quant à la production des écosystèmes aquatiques.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Connaissances générales et théoriques indispensables en Océanologie pour rentrer dans le monde de la recherche ; connaissances appliquées en hydrodynamisme, télédétection et des couplages physiques-biologiques des producteurs primaires et secondaires.

Modalités d’évaluation :
Examen final sur table essentiellement sous forme de questions de cours, d’exercices à résoudre mais aussi de documents à commenter de façon critique afin de juger de la compréhension des notions fondamentales enseignées en cours.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Avoir des connaissances en écologie et biologie marine.

Langue de l’enseignement :
L’ensemble de l’enseignement est réalisé en français. Le matériel documentaire est en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
Lille 1 : F. Lizon, L. Denis, S. Souissi ;
ULCO : C. Jamet, L.F. Artigas
Autre: F. Schmitt (CNRS), G. Beaugrand (CNRS), L. Seuront (CNRS)

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UE: Ecophysiologie et Adaptations

 

Responsable : François GEVAERT

Descriptif des objectifs :
Appréhender les réponses à différents niveaux d’organisation biologique, de la cellule à l’organisme, pour décrypter les adaptations et réponses fonctionnelles des organismes marins aux principaux forçages environnementaux. Aborder l’impact que les changements environnementaux, induits ou non par l’homme, peuvent avoir sur les producteurs primaires et secondaires, et la capacité de ces derniers à s’adapter à ces changements. Comprendre, en intégrant réponses morphologiques, physiologiques et/ou comportementales, comment les organismes animaux et végétaux font face à ces contraintes.

Descriptif du Contenu :
A partir d’exemples concrets, les adaptations des organismes aux caractéristiques du milieu marin, en particulier aux conditions extrêmes de la zone intertidale (position d’interface terre – océan ; conditions très variables à différentes échelles de temps et d’espace) seront abordées dans cette UE. Les réponses fonctionnelles (adaptations morphologiques, physiologiques et comportementales) développées par les organismes marins benthiques et pélagiques aux facteurs physiques (lumière, température, hydrodynamisme) mais aussi chimiques (salinité, sels nutritifs, polluants, acidification des eaux marines) seront détaillées. Les notions de photoadaptation, photoprotection, stress oxydatif, mécanismes de détoxification, osmorégulation, thermorégulation, réponses enzymatiques, stratégie d’évitement, migration, traits d’histoires de vie, croissance, reproduction, seront ainsi développées chez des organismes allant des cellules planctoniques (phytoplancton, zooplancton, microphytobenthos) aux mammifères marins et poissons, en passant par les invertébrés et les macroalgues selon les cas de figure évoqués.

Organisation pédagogique :
– CM : 40h
– TD : 0h
– TP: 0h
L’ensemble des enseignements de l’UE est dispensé en 6-7 journées consécutives.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Théoriques et fondamentales en écologie et physiologie marines. Notions d’adaptation physiologiques, morphologiques et comportementales chez les organismes animaux et végétaux, benthiques et pélagiques des zones intertidale et subtidale.
Compétences :
– Identifier les forçages majeurs s’exerçant dans un écosystème donné
– Envisager les problématiques d’interactions organisme/environnement à différentes échelles spatio-temporelles d’observation
– Connaître les problématiques scientifiques actuelles dans le domaine de l’éco-physiologie des organismes marins.
– Caractériser les niveaux d’organisation des mécanismes d’adaptation et hiérarchiser les paramètres environnementaux qui en sont la cause.
Compétences additionnelles et transversales :
– Aborder des savoirs théoriques complexes

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Cette UE prépare l’étudiant aux métiers de la Recherche dans le domaine de l’Environnement et plus particulièrement dans le domaine de l’écologie et la physiologie marines. Elle constitue également une base théorique utile dans le domaine de l’expérimentation animale et végétale ou de l’aquaculture.

Modalités d’évaluation :
Examen final sur table sous forme de questions de synthèse, mais aussi de documents à commenter de façon critique afin de juger de la compréhension des notions fondamentales enseignées.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Avoir des connaissances en biologie, écologie et physiologie.

Langue de l’enseignement :
Enseignement en français. Matériel documentaire en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
Lille 1 : F. Gevaert, F. Goulard, S. Lefebvre, F. Lizon, N. Spilmont, S. Souissi
ULCO : R. Amara, F. Henry
Autres : L. Seuront (CNRS)

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UE: Structure et Fonctionnement des Ecosystèmes Marins

(English version)

Responsable : Urania CHRISTAKI

Descriptif des objectifs :
Acquérir une vision globale mais précise de la structure, du fonctionnement et de l’évolution des écosystèmes marins. Appréhender leurs particularités, la complexité des processus pélagiques, benthiques, le couplage bentho-pélagique et la typologie des écosystèmes marins. Découvrir les relations trophiques complexes et comprendre les mécanismes sous-jacents sur lesquels reposent leur fonctionnement. Positionner le fonctionnement des écosystèmes marins dans un contexte actuel de changement global et initier à la bioclimatologie via des exemples de réponses des écosystèmes pélagiques aux forçages hydroclimatiques.

Descriptif du Contenu :
L’UE introduit les concepts clés des processus, relations et interactions entre les organismes couvrant tous les échelons trophiques (des virus aux poissons).
-Échelons trophiques inférieurs : structure et processus des communautés microbiennes à la base du fonctionnement de l’écosystème (transformation de la matière, producteurs primaires, virus, bactéries, protistes hétérotrophes, typologie des écosystèmes pélagiques).
– Meso- et macrozooplancton : structure des communautés, modes trophiques, production, liens avec les échelons inférieurs et supérieures, organismes exotiques et invasifs.
– Compartiment ichtyologique : importance écologique, typologie et fonctionnement des nourriceries. Analyse des forçages naturels et anthropiques.
– Niche trophique, généralisation aux interactions trophiques et leur organisation en réseau. Communautés modèles des microalgues, les filtreurs benthiques et les communautés de poissons.
– Les forêts de laminaires : distribution générale des forêts de kelps, importance écologique, biodiversité, réseaux trophiques associés et menaces.
– Communautés des invertébrés benthiques : diversité des communautés et réseaux trophiques benthiques processus biologiques et chimiques à l’interface eau-sédiment (processus de diagenèse précoce, rôle des microorganismes dans la régulation des flux d’éléments, bilans de carbone aux interfaces, rôle de la méio- et de la macrofaune)
– Mammifères marins, conservation et étude.
Enfin, l’UE est complétée avec une initiation à la bioclimatologie via des exemples de réponse des écosystèmes pélagiques aux forçages hydroclimatiques (interactions proies-prédateurs, migrations latitudinales.

Organisation pédagogique :
– CM : 40h
– TD : 0h
– TP: 0h
L’ensemble des enseignements de l’UE est dispensé en 6-7 journées consécutives.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Acquérir de connaissances fondamentales dans le domaine des sciences de l’écologie marine et de l’océanographie. Comprendre comment les différents processus, la structure des communautés et le fonctionnement des écosystèmes sont liés entre eux et avec les facteurs environnementaux.
Compétences :
– Analyser le fonctionnement d’un écosystème par ces parties intégrantes (processus, structure, diversité)
– Juger de la pertinence des scénarios suite à des forçages biotiques et abiotiques
Compétences additionnelles et transversales :
– Faire des choix éclairés et définir les priorités dans l’étude d’un écosystème.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Connaissances générales et théoriques indispensables en écologie marine et océanographie pour rentrer dans le monde de la recherche et/ou la gestion des écosystèmes.

Modalités d’évaluation :
Examen final sur table, sous forme de questions de synthèse.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Avoir des connaissances en biologie et écologie marine.

Langue de l’enseignement :
Une partie des enseignements est proposé en anglais. Le reste est proposé en français.

Enseignants impliqués :
Lille 1 : L. Denis, F. Gevaert, S. Lefebvre, E. Arminot Duchatelet, V. Bouchet
ULCO: R. Amara, U. Christaki,
Autres: G. Beaugrand (CNRS), J.-L. Bourgain (Association OCEAMM)

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UE: Impact Anthropique sur les Ecosystèmes Littoraux

 

Responsable : Sébastien LEFEBVRE

Descriptif des objectifs :
Comprendre comment les différents aménagements et empreintes des activités humaines (impacts anthropiques) modifient la trajectoire des écosystèmes sous les contraintes climatiques. Appréhender la complexité des réponses des écosystèmes à ces impacts anthropiques. Intégrer l’homme dans les anthropo-systèmes pour en assurer leur développement durable. Comprendre comment les aménagements et les activités humaines peuvent avoir des impacts sur la dynamique morphologique des côtes et accroître leur sensibilité aux risques naturels (érosion, submersion marine, avancées dunaires). Appréhender les effets des activités anthropiques sur les processus morpho-sédimentaires littoraux.

Descriptif du Contenu :
L’UE vise à décrire et à recenser les impacts anthropiques qu’ils soient directs (Aménagements physiques) ou qu’ils soient indirects car résultant de l’exploitation des ressources biologiques ou sédimentaires. Puis, les conséquences de ces impacts seront abordées en détails. Enfin, les remédiations possibles seront abordées lorsque des solutions durables existent. Pour les thèmes relevant de l’exploitation, seront abordés les biens et services rendus par les écosystèmes, la qualité des eaux et des biocénoses des eaux côtières (eutrophisation, algues toxiques, contaminations métalliques ou organiques), la modification de la biodiversité (espèces introduites), la pêche, l’aquaculture et l’extraction de granulats. Pour les aménagements, seront abordées la problématique des installations portuaires et de leur fonctionnement (rejets de dragage…), les techniques de stabilisation du trait de côte et leurs répercussions sur l’évolution du littoral, les aménagements des estuaires et des dunes côtières…

Organisation pédagogique :
– CM : 40h
– TD : 0h
– TP: 0h
L’ensemble des enseignements de l’UE est dispensé en 6-7 journées consécutives.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Théoriques et pratiques concernant les impacts anthropiques directs et indirects sur les écosystèmes littoraux. Connaissances théoriques sur les indicateurs de qualité du milieu.

Compétences :
– Anticiper les impacts potentiels d’une activité, estimer l’impact, proposer des mesures de remédiation,
– Faire appel à des connaissances dans des domaines variés (géomorphologie, écotoxicologie, aménagements, socio-économie..).
Compétences additionnelles et transversales :
– Faire des choix éclairés et définir les priorités dans la gestion des écosystèmes.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Cette UE prépare aux métiers de Cadre Écologue, Gestionnaire de l’environnement, Chargé de Mission dans des collectivités territoriales, bureau d’études et d’aménagement. mais aussi dans les services environnements des Grands ports maritimes.

Modalités d’évaluation :
Examen final écrit sous forme de questions de synthèse.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Connaissances en fonctionnement des écosystèmes côtiers.

Langue de l’enseignement :
L’ensemble est réalisé en anglais et en français. Le matériel documentaire est en français et en anglais.

Enseignants impliqués :
Lille 1 : F. Gevaert, S. Lefebvre, F. Goulard, V. Bouchet, V. Cuvillier
ULCO: R. Amara, A. Héquette, MH Ruz, F. Artigas,
Autres: B. Ernande (Ifremer), T. Ruellet (Gemel), T. Le Carpentier (réserve naturelle baie de Seine)

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UE: Droit et Aménagement intégré de la mer et du Littoral

 

Responsable : Christophe LEFEBVRE

Descriptif des objectifs :
Connaître les dispositions juridiques internationales sur le droit de la mer, les engagements pris par les États dans le cadre des objectifs marins, la convention sur la diversité biologique, les conventions régionales sur les mers, les Directives Européennes, et les outils législatifs et réglementaires français pour la protection, l’aménagement intégré, la planification spatiale marine et la gestion durable de l’espace littoral et des écosystèmes marins

Descriptif du Contenu :
L’UE décrit les espaces marins sous juridiction nationale et ceux au-delà de la juridiction nationale, les droits et devoirs liés à la souveraineté nationale (mer territoriale, ZEE, plateau continental), les dispositions pour la Haute mer ( convention de Montego bay); les objectifs de Nagoya (COP 10 de la CDB) pour le milieu marin ; Les Conventions régionales sur les mers de OSPAR (Nord Est Atlantique), Barcelone (Méditerranée), Carthagène (Caraïbes) , Abidjan ( Afrique de l’Ouest) , Nairobi ( Afrique de l’Est) , Apia pour le Pacifique Sud, et le traité de l’Antarctique. la Directive européenne cadre stratégique pour le milieu marin et les directives Habitats et oiseaux( réseau Natura 2000) ; les outils nationaux que sont la Loi sur la protection de la nature ( 1976), la Loi Littoral (1986), la Loi Grenelle II (2009),… ainsi que les organismes opérationnels pour la protection et la gestion du littoral et de la mer ( Conservatoire du littoral, Agence des aires marines protégées), Conseil national de la mer et des littoraux, COMER.

Organisation pédagogique :
– CM : 40h
– TD : 0h
– TP: 0h
L’ensemble des enseignements de l’UE est dispensé en 6-7 journées consécutives.

Connaissances et compétences acquises :
Connaissances :
Du droit de la mer et des règles de souveraineté sur la mer, fonctionnement des conventions internationales et modes de décisions politiques et techniques, mise en œuvre des engagements pris par les États dans le cadre des protocoles. Connaissance du droit européen de l’environnement littoral et marin et de la politique maritime intégrée européenne. Connaissance des outils français de protection et de gestion de l’espace littoral et marin
Compétences :
– Maîtriser les bases du droit de l’environnement littoral et marin au niveau international, européen et national.
– Interpréter des liens existants entre connaissance scientifique, expertise, et décisions de justice dans les études d’impact, étude d’incidence, mesures compensatoires,…
Compétences additionnelles et transversales :
– Utiliser les savoirs du Droit pour comprendre la mise en œuvre des politiques de développement, de conservation, de protection des Écosystèmes.

Type d’activité auquel cette UE prépare et secteur d’activité :
Cette UE prépare aux métiers de Cadre Écologue, Gestionnaire de l’environnement, Chargé de Mission dans des collectivités territoriales ou les Etablissements publics de l’Etat. Elle apporte les connaissances générales indispensables en droit de l’environnement littoral et marin et les connaissances théoriques de l’aménagement et la gestion intégré de l’espace littoral et marin.

Modalités d’évaluation :
Examen final sur table sous forme d’épreuve écrite de 3 heures afin de juger de la compréhension des notions fondamentales enseignées en cours.

Acquis et Pré-requis conseillés :
Avoir des connaissances en géographie maritime et littorale est un plus mais n’est pas indispensable.

Langue de l’enseignement :
L’ensemble de l’enseignement est réalisé en français. Le matériel documentaire est en français et parfois en anglais.

Enseignants impliqués :
ULCO : C. Lefebvre, C. Roche